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厦门市卫生监督所于2003年7月26日正式挂牌，它的成立标志着厦门市卫生监督体制改革迈出了实质性的一步，卫生监督执法工作翻开了新的一页。
由于计划经济体制下形成的公共卫生管理运作模式，已不符合行政执法的公正原则，不利于促进市场经济发展。从九十年代初，厦门市卫生局就开始在卫生监督体制改革方面进行探索，并于1996年成立了厦门市卫生综合执法队。执法队受市卫生局委托，执行卫生法律、法规、规章所赋予的卫生监督执法职能。它的成立在一定程度上加大了卫生执法力度，提高了卫生监督执法在公众心目中的地位和权威。
随着卫生改革的不断深化，厦门市卫生局根据卫生部、省、市有关卫生体制改革精神，结合厦门实际情况，对厦门市卫生监督体制改革再次进行深入调研、探讨，完成了《厦门市卫生监督与疾病预防控制体制改革实施方案》。《实施方案》合理划分了卫生监督与卫生技术服务职责，将原厦门市卫生防疫站、厦门市结核病防治所和厦门市卫生综合执法队所承担的卫生监督执法职能分离出来，合并组建成立厦门市卫生监督所。监督所下设办公室、卫生监督稽查科、卫生许可科、食品卫生监督科、环境与学校卫生监督科、传染病防治监督科、放射与职业卫生监督科、医疗与妇幼卫生监督科等八个科室。市卫生监督所受市卫生局的委托，以市卫生局的名义，依照卫生法律、法规、规章，在全市行使卫生监督执法职责。它主要有七大任务：
一、根据卫生法律法规和《国内交通卫生检疫条例》规定，面向社会对公共卫生、与健康相关产品、卫生医疗机构、血液及其制品、医师执业、母婴保健等进行卫生监督执法，并定期上报卫生监督抽检结果；
二、开展对从业人员、医师执业人员、卫生监督员的卫生法制、卫生知识的宣传和培训；
三、承担卫生许可和执业许可办证申请的受理、预防性卫生监督审查、现场卫生审查；
四、对卫生行政处罚案件进行调查取证，提出处罚建议，执行处罚决定；
五、负责受理卫生投诉、举报，法律咨询和卫生监督的稽查；
六、参与对危害公共卫生的中毒、疫情和突发事件的调查处理；
七、承担市卫生行政部门和上级卫生监督机构交付的其他卫生监督执法任务。
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